В 2003 году был образован Госнаркоконтроль России, впоследствии переименованный в Федеральную службу Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков (ФСКН).
Ведомство возглавил экс-коллега Владимир Путина по КГБ-ФСБ Виктор Черкесов — одно из самых влиятельных лиц в окружении президента, которому прочили место директора ФСБ вместо Николая Патрушева. Конкуренция между службами и их руководителями привела к одной из крупнейших силовых войн 2000-х годов: на сотрудников обоих ведомств были заведены несколько масштабных уголовных дел, которые наглядно демонстрировали масштабы коррупции в правоохранительных органах. Несмотря на то что ФСКН поначалу лидировала в этом соперничестве, победу в итоге одержала ФСБ. Виктор Черкесов лишился своего поста, а антинаркотическая служба со временем и вовсе перестала существовать как отдельная структура.
Практически сразу после создания Госнаркоконтроля у ведомства начались конфликты с управлением «Н» СЭБ ФСБ (занималось борьбой с наркоторговлей и было упразднено в 2006 году), а также МВД, поскольку все они работали в одной сфере и дублировали задачи друг друга.
Зачастую между спецслужбами велась борьба за «крышевание» каналов доставки и точек по продаже наркотиков. Другими словами, сотрудники ФСБ или милиция ловили наркоторговцев, которые работали под «крышей» ФСКН, а наркоборцы, в свою очередь, накрывали точки сбыта находившихся под «опекой» ФСБ и/или МВД.
По информации источника Центра «Досье» (s29), работавшего в 1990-е годы с Черкесовым в Санкт-Петербурге, после переезда в Москву и назначения главой ФСКН последний решил отсечь сотрудников ФСБ от финансовых потоков, идущих от торговли наркотиками и контрабандой. За первый год работы Черкесова в ФСКН были заведены уголовные дела на 32 сотрудников ФСБ и МВД, вступивших в партнерские отношения с поставщиками наркотиков. При этом, по мнению эксперта, людям Черкесова разрешали задерживать и передавать МВД лишь тех представителей ФСБ и МВД, которые занимались «бизнесом» по собственной инициативе и не делились прибылью с начальством. Все задержанные в это время находились в званиях от прапорщика до капитана за исключением одного майора МВД. Как только люди Черкесова вышли на высокопоставленных бенефициаров нелегального бизнеса из ФСБ, Госнаркоконтролю был нанесен ответный удар.
«В России, если ты хочешь сделать карьеру в любом правоохранительном или силовом ведомстве, ты должен работать по правилам, то есть нарушать закон и не мешать своим коллегам заниматься тем же. Личное обогащение — основной мотив для всех, кто проработал в МВД, ФСБ, СК, прокуратуре и судах более пяти лет и поднялся до уровня заместителя начальника отдела, следователя по особо важным делам или любой первой руководящей должности. По этой причине так легко было остановить действия Бульбова и стоявшего за ним Черкесова. Сам Черкесов — человек старой закалки, он получал свою часть дохода, но никогда не брал слишком много (хотя и того, что брал, хватило бы на длительное тюремное заключение)», — заключает эксперт, близкий к Николаю Патрушеву (s20).
В 2007 году президент Путин поручил главе ФСКН Черкесову взять в оперативную разработку генералов из центрального аппарата ФСБ, замешанных в поставках контрабандной мебели и китайских товаров на Черкизовский рынок.
«При задержании Бульбов подозревался по шести статьям УК РФ — в разглашении государственной тайны (283), злоупотреблении должностными полномочиями (285), превышении должностных полномочий (286), незаконной предпринимательской деятельности (289), получении взятки в крупном размере (290) и нарушении тайны телефонных переговоров (138). Следствие утверждало, что Бульбов якобы платил по 50 тысяч долларов в месяц заместителю начальника управления специальных технических мероприятий Михаилу Яныкину за „прослушку“ телефонных переговоров. Также наркополицейского подозревали в том, что с января 2003 года он якобы собирал поборы с коммерсантов по 4 тысячи долларов в месяц» (РИА Новости)9 октября 2007 года, спустя неделю после задержания, директор ФСКН Виктор Черкесов выступил в защиту своих подчиненных и опубликовал в газете «Коммерсант» статью «Нельзя допустить, чтобы воины превратились в торговцев», в которой рассказал о конфликте между ФСБ и ФСКН:
«Все, кто может помочь органам наркоконтроля обнаружить и очиститься от „оборотней в погонах“, найдут во мне активного и надежного союзника. Но каждый, кто попытается превратить благородное дело борьбы с коррупцией в мутную и двусмысленную склоку, получит категорический отпор».Газетная публикация вызвала недовольство Владимира Путина. «Выносить такого рода проблемы в СМИ считаю некорректным. И если кто-то действует таким образом, предъявляет такого рода претензии о войне спецслужб, сам сначала должен быть безупречным», — заявил он в середине октября 2007 года. 12 мая 2008 года, спустя пять дней после вступления в должность, президент Дмитрий Медведев снял Черкесова с поста директора ФСКН. Премьер-министр Путин назначил его на должность руководителя Рособоронпоставки, однако там Черкесов продержался недолго: в 2010 году его отправили в отставку. Впоследствии экс-директор ФСКН избрался в Госдуму по списку КПРФ.
Генерал Бульбов пробыл в СИЗО в течение двух лет, пока его не освободили под подписку о невыезде в ноябре 2009 года. Расследование в отношении него выделили в два уголовных дела. В одном из них Бульбов обвинялся в том, что выписал 16 спецталонов для защиты автомобилей знакомых от проверки, изготовил поддельное удостоверение МВД для гражданского лица и незаконно получал пенсию на протяжении семи лет. В 2010 году суд признал его виновным и приговорил к трем годам лишения свободы условно. Дело о незаконной прослушке и крышевании генералом коммерсантов до суда так и не дошло: в 2014 году, спустя семь лет после начала расследования, следствие пришло к выводу о том, что Бульбов не совершал инкриминируемых ему деяний.
После отставки Черкесова ФСКН возглавил еще один выходец из клана питерских чекистов генерал-полковник Виктор Иванов. Новый глава антинаркотического ведомства запомнился шумными пиар-акциями в рамках деятельности ФСКН и громкими скандалами. Так, в 2009 году в здании управления ФСКН по ЗАО г. Москвы были обнаружены тела лейтенанта Павла Мазана и старшего лейтенанта Константина Хрусталева, причем последний оказался зятем бывшего начальника Службы Безопасности Президента (СБП) Александра Коржакова. По официальной версии, оба офицера скончались от острого пищевого отравления, однако в СМИ появилась информация о передозировке наркотиками.
В 2015 году ФСКН обвиняли в «утечке» совершенно секретной информации, в результате которой оказались раскрыты имена многих осведомителей, адреса наркопритонов, фамилии и фотографии наркопотребителей, личные данные тайных информаторов и обычных граждан, позвонивших на телефон доверия ФСКН.
Заместитель директора ФСКН Николай Аулов стал фигурантом уголовного дела о «русской мафии» в Испании. По данным испанских следователей, генерал Аулов имел непосредственное отношение к организованной преступной группировке, возглавляемой российским криминальным авторитетом Геннадием Петровым из Тамбовской ОПГ. За два года наблюдения правоохранительных органов — с конца 2006 года по апрель 2008 года — генерал Аулов 78 раз общался с Петровым по телефону, при этом 74 раза общение происходило по инициативе Аулова. Кроме того, замдиректора ФСКН упоминался и в других звонках членов ОПГ.
Центр «Досье» публикует несколько примеров разговоров между замдиректора ФСКН и лидером Тамбовской ОПГ. Они приводятся испанской прокуратурой в материалах уголовного дела, в качестве доказательства связей Петрова и его окружения с правоохранительными органами. Разговор под номером С6: Николай Николаевич Аулов звонит Петрову вечером 15 сентября 2007 года. «Николаевич» рассказывает, что послал своих «доверенных ребят» провести «очень серьезный разговор» с «негодяями» и «отбросами», которые хотят причинить вред Петрову, особенно с тем, «книжки пишет который», с последним был проведен очень серьезный разговор (предположительно, в угрожающем тоне). Разговор под номером С22: Николай Николаевич Аулов звонит Петрову днем 26 января 2008 года. Николай очень доволен, поскольку выполнил просьбу Петрова. Человек, которым интересовался Петров, был назначен на определенную позицию. Николай несколько раз повторяет, что ему нравится выполнять полученные задания.
31 марта 2016 года стало известно, что испанский Центральный следственный суд № 5 принял решение о заочном аресте Аулова и объявил его в международный розыск. Через неделю после официального запроса правоохранительных органов Испании, 5 апреля 2016 года, Владимир Путин подписал указ об упразднении Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков (ФСКН). Штатная численность и полномочия службы были переданы МВД.
