Так называемое дело «Трех китов» имеет непосредственное отношение к таможне, то есть сфере, в которой пересекались интересы ФТС (Федеральной Таможенной Службы), ФСКН (Федеральной службы по контролю за оборотом наркотиков) и ФСБ, а также, на этапе расследования, МВД и Генпрокуратуры, а затем и Следственного комитета. СМИ и участники процесса многократно заявляли о сотрудничестве ФСБ с Генпрокуратурой и давлении на следствие.
В рамках дела «Трех китов» был осужден и затем оправдан бывший следователь МВД Павел Зайцев, который вел дело в начале, лишилась своего поста судья Ольга Кудешкина. Позднее в связи с процессом был уволен генерал ФСКН Александр Бульбов, в отношении которого было возбуждено дело о незаконной прослушке. Вслед за ним ушел в отставку начальник ФСКН Виктор Черкесов, которого сменил путинский сослуживец по КГБ-ФСБ Виктор Иванов.
Процесс «Трех Китов» привел к череде увольнений и в самой ФСБ — в том числе заместителя директора ФСБ Юрия Анисимова, главы управления обеспечения деятельности ФСБ Сергея Шишина, а также нескольких руководителей из хозяйственных департаментов.
Дело «Трех Китов» (известная сеть магазинов мебели в первой половине 2000-х годов, одной из фирм-учредителей которой владел отец замдиректора ФСБ Евгений Заостровцев) возникло вокруг систематического импорта мебели по заниженным ценам и ее дальнейшей реализации в торговых центрах «Три кита» и «Гранд». За счет занижения цен и, соответственно, таможенных пошлин, сопровождающих ввоз товара из Европы, государству был нанесен ущерб в размере 50 миллионов рублей. Позднее к таможенной схеме в деле также добавилась финансовая — отмывание денег через Bank of New York и канал по торговле наркотиками и российским оружием.
«Это дело было отнюдь не рядовым. Я это связываю с тем, что по этому делу была заинтересованность высокопоставленных лиц и в Генпрокуратуре, и, в том числе, в центральном аппарате ФСБ. Вместо того, чтобы наказать виновных и привлечь их к уголовной ответственности, если имела место на самом деле контрабанда мебели — вместо этого привлекли к уголовной ответственности следователя Зайцева».Благодаря усилиям депутата Юрия Щекочихина, президент Владимир Путин в итоге принял решение забрать дело из Генпрокуратуры и назначить независимого следователя Владимира Лоскутова.
«Уже после арестов по делу „Трех китов“ следователь Лоскутов заявил журналистам: „Это решение (о передаче ему дела как независимому следователю.—Ъ) было принято из-за больших связей подозреваемых с коррумпированными должностными лицами в правоохранительных органах, препятствующих следствию“. По его словам, в ходе расследования предпринимались неоднократные попытки подкупа следствия с целью предоставления планов расследования и оперативно-розыскных мероприятий в отношении подозреваемых. „На одном из обысков у подозреваемых был изъят план расследования дела“, — сообщил господин Лоскутов». (Коммерсант)Тем не менее в течение последующих лет активных действий по делу не проводилось, что источники СМИ объясняли вмешательством спецслужб.
ФСБ была непосредственно вовлечена в процесс уже потому, что один из обвиняемых (Евгений Николаевич Жуков) был офицером спецслужбы, а другие соучастники имели родственников в спецслужбе.
Отец замдиректора ФСБ Юрия Заостровцева, Евгений Заостровцев, являлся владельцем одной из фирм-учредителей «Трех китов».
Юрий Заостровцев — начальник вышеупомянутого Евгения Жукова — работал в Департаменте экономической безопасности (сейчас Служба экономической безопасности или СЭБ), и, следовательно, имел влияние как на таможню, так и на бизнес, а также считался крайне эффективным «поставщиком дел» для Генпрокуратуры. Ранее Заостровцев служил в Карелии с Николаем Патрушевым, где оба познакомились с президентом Путиным. Он также упоминался в связи с делом ЮКОСа.
В 2006 году владелец «Трех китов» Сергей Зуев и другие фигуранты дела были арестованы.
Бывший первый замначальника СК при МВД генерал Сергей Новоселов заявил: «За этим делом кроется конфликт ведомственных интересов — с одной стороны, СК и ГТК [Государственный таможенный комитет], с другой, Генпрокуратуры и ФСБ». В итоге произошли кадровые изменения во многих из этих структур. В сентябре 2006 года Генпрокуратура сообщила, что в связи с делом «Трех китов» отстранены от службы 19 чиновников, включая высокопоставленных сотрудников ФСБ.
Ниже представлен список основных кадровых изменений 2006 года:
В мае 2006 года сменился глава ФТС — должность занял Андрей Бельянинов. Бельянинов продержался в кресле до 2016 года.
Генпрокурор Владимир Устинов в июне 2006 досрочно сложил свои полномочия. Его заменил Юрий Чайка. До 2008 года Устинов служил министром юстиции, а затем занял должность полномочного представителя президента.
Замдиректора ФСБ Юрий Заостровцев покинул ДЭБ ФСБ в 2006 году («Ведомости», 14.09.2006). Он был назначен заместителем председателя Правления Внешэкономбанка, где работал до 2007 года. С тех пор Заостровцев практически исчез из публичной сферы. Согласно его биографии на сайте Ассоциации «Тверской Охотничий Клуб», чьим президентом он является, Заостровцев занимается «научной работой, является академиком Российской академии естественных наук».
Начальник управления обеспечения деятельности ФСБ Сергей Шишин также покинул свой пост. После ухода из ФСБ он работал в банке «ВТБ», а в 2011 году вошел в совет директоров «Роснефти».
Помимо вышеупомянутых перестановок, в 2007 году Шестая служба управления собственной безопасности ФСБ задержала генерала ФСКН Александра Бульбова.
Из первоначально длинного списка обвинений в итоге ему были предъявлены превышение служебных полномочий, злоупотребление полномочиями и незаконная прослушка телефонных переговоров при расследовании дела «Трех китов». По словам председателя Следственного комитета при Прокуратуре Александра Бастрыкина, в прослушках фигурировало более 50 высокопоставленных чиновников, крупных бизнесменов, известных политиков и журналистов.
Следующим образом комментировал дело адвокат Бульбова Сергей Антонов:
«Положено начало очень опасному прецеденту. Никаких доказательств, кроме оперативной справки, подписанной заместителем начальника управления собственной безопасности ФСБ Харитоновым, у следствия нет. На основании мнения этого человека Бульбова и держат под арестом».
Сам Бульбов среди прочих обвинил в фабрикации уголовного дела начальника 6-й службы УСБ Олега Феоктистова:
«Эти действия обусловлены чувствами мести и страха перед последующими разоблачениями высокопоставленных чиновников ФСБ РФ, в число которых входят, прежде всего, генерал-лейтенант Купряжкин А. Н., начальник УСБ (9 управление ФСБ РФ), начальник 6-й службы УСБ ФСБ РФ Феоктистов О. В. и его заместитель Харитонов С. Н., а также некоторые другие, о ком сейчас говорить преждевременно».
Бульбов также отмечал, что в течение года, предшествовавшего его аресту, предпринимались различные попытки дискредитировать его лично и его сотрудников. В итоге после более шести лет расследования обвинения с генерала были сняты.
В 2008 году, предположительно, из-за этого процесса, в отставку ушел глава ФСКН Виктор Черкесов. Незадолго до увольнения он опубликовал статью на тему конфликта силовиков в связи с делом «Трех китов» и делом о китайской контрабанде.
Подробнее про дело Бульбова и отставку Черкесова — в разделе о деле Госнаркоконтроля.